药物多肽的全序列测定
药物多肽的全序列测定采用埃德曼技术，其特点:1、蛋白质/多肽的N末端氨基酸序列测定2、能连续测定N端60个以上的氨基酸序列3、样品来源:天然提取（动物/植物/微生物）；合成多肽；表达重组等
蛋白质相互作用网络分析
蛋白质相互作用网络中信号流向方向预测；根据网络的拓扑性质，挖掘网络重要节点（如hub节点，crosstalk节点）；根据功能信息注释，进行网络模块化
相对定量蛋白质组学（Label Free）
非标记定量技术（Label Free）用来比较的样品不经过任何标记，直接酶解后经过质谱分析产生数据。Label Free技术减少了前处理过程中的样品损失，在肽段的检测和蛋白质覆盖率方面具有优势；
荧光差异凝胶电泳
荧光差异凝胶电泳技术基本实验线路是电泳前以Cy2、Cy3 和Cy5三种荧光染料分别标记蛋白质样品(其中包括一个蛋白质内标)。然后将标记好的蛋白质样品混合，在同一块胶上进行双向电泳。电泳结果分别用3种不同的激发波长得到不同颜色的荧光信号，根据这些信号的比例来判定样品之间蛋白质的差异，并且专用软件可全自动根据每个蛋白点的内标对其表达量进行校准，保证所检测到的蛋白丰度变化是真实的。