大片段测序（BAC)
BAC克隆等大片段DNA测序已在国内外全基因组测序和功能基因筛选中得到广泛应用，但因为涉及高质量的shotgun文库构建和大规模、高通量测序平台的建立，目前国内除参加过人类基因组计划的研究机构外，还鲜
甲基化测序(RRBS)
RRBS(Reduced Representation Bisulfite Sequencing) 利用限制性内切酶对基因组进行酶切，可以极大幅度的提高CpG区域的测序深度。
Ion Torrent PGM测序
实验流程：文库制备—数字PCR—芯片测序—数据分析。如：针对50个肿瘤相关基因的207个常见突变区域设计引物，在同一管中进行多重PCR，随后纯化扩增产物，利用PGM进行seq分析