基因表达谱分析
基因表达谱分析直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，仅可用于基因表达差异的研究。
表达谱测序
基因转录水平的研究是功能基因组学和医学研究的基础。数字基因表达谱利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，通过全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。
二代测序
环境样品的宏基因组鉴定 微生物基因组测序 病原体检测 人类目标序列重测序 扩增子直接克隆测序（PCR产物） 传染病源快速鉴定 转录组研究 肿瘤基因组和突变
基因组重测序（Re-sequencing）
使用的Illumina Genome Analyzer平台只需要极少量的样品，便可对数量有限的保存组织、拟胚体、小的模式系统和难以培养的生物进行测序。