一、什么是De Novo测序？

De Novo测序（From Scratch Sequencing） 是一种不依赖任何已知参考序列或数据库，直接从实验数据中推断出生物大分子（如蛋白、DNA或RNA）序列的方法。在蛋白质组学中，它指的是：利用高分辨率质谱仪采集酶解多肽的MS/MS碎片数据，通过算法分析这些碎片离子，直接还原氨基酸序列，最终拼接出完整蛋白的一级结构。

二、De Novo测序的技术原理

De Novo测序的核心依赖质谱平台，尤其是高分辨率MS/MS技术。具体过程如下：

1、蛋白酶解：将目标蛋白用Trypsin、Chymotrypsin等酶消化为短肽段；

2、MS/MS采集：通过LC-MS/MS采集每个肽段的碎片离子谱图（b/y离子）；

3、谱图解析：De Novo算法识别峰值间的质量差，逐个推断氨基酸；

4、序列拼接：将多个肽段的结果重叠整合，构建完整蛋白序列；

5、人工校核与建模：对关键区段进行人工审阅、结构验证。

该方法的关键在于：碎片图谱质量是否足够清晰、肽段重叠是否充分、拼接逻辑是否严谨，决定了最终序列的准确率与覆盖度。

三、De Novo测序的标准流程

为了获得高质量的De Novo测序结果，通常包含以下几个步骤：

1、样本制备与质量评估

接受多种形式样本（蛋白溶液、PAGE条带、上清等），并评估浓度、纯度和背景干扰。如有需求，可进行Protein A/G亲和纯化或切胶处理，确保进入质谱前的样本处于理想状态。

2、多酶酶解与肽段富集

采用Trypsin、Chymotrypsin、AspN、LysC等多种酶并行消化，生成高重叠率的肽段集合，特别针对CDR等“结构盲区”提升覆盖度。

3、高分辨质谱采集

使用Orbitrap Fusion Lumos或timsTOF Pro平台，采集多轮HCD/CID/ETD碎片谱图，保证碎片完整性与质量准确度。

4、序列分析与拼接重建

整合PEAKS Studio、pNovo等多个De Novo算法结果，自研拼接工具进行全长序列重建，结合结构数据库进行片段归属识别。

5、结构建模与表达验证（可选）

提供cDNA反向翻译、结构预测建模、表达模板构建等后续服务，真正实现“从蛋白到功能”的闭环。

四、De Novo测序的应用

1、无法获得基因序列的抗体解析

常见于动物免疫抗体、临床血清抗体、已丢失表达载体的老抗体等。De Novo测序可直接从蛋白还原轻链/重链结构，用于表达复现或专利设计。

2、非模式生物蛋白组研究

在中药材、海洋生物、微生物等研究中，数据库缺乏或注释不全，传统方法无法进行蛋白识别，必须依赖De Novo还原序列。

3、癌症新抗原与突变蛋白发现

可在不依赖基因信息的前提下识别肿瘤突变体、新融合蛋白，为个体化免疫治疗提供精准靶点。

4、蛋白药一致性验证与修饰图谱分析

比较不同批次、表达系统、工艺条件下蛋白结构是否一致，捕捉细微突变或翻译后修饰（PTMs）差异。

5、已知蛋白但存在结构异构体

当蛋白本身有糖基化、氧化、剪切异构体等，De Novo测序配合修饰分析可还原真实表达状态，支持质量控制与功能评价。

在生命科学迈入结构功能深度融合的阶段，De Novo测序成为连接蛋白本体与功能应用之间的桥梁。它帮助研究人员突破数据库限制，从蛋白直接还原全结构信息，推动蛋白研究从“识别”走向“复现”。无论你是想解析一个天然抗体的结构、探索一个未知蛋白的功能，还是为一个蛋白药寻找“身份证明”，De Novo测序都值得作为你项目的关键技术选项。如您正在进行相关课题或项目设计，欢迎联系百泰派克技术顾问团队，我们将为您提供专业的技术咨询与样本评估。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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